Το Σχολείο μας ιδρύθηκε το 1972 με το όνομα Δ΄ Γυμνάσιο Λεμεσού. Προοριζόταν για τη φοίτηση του μαθητικού κόσμου της περιοχής του Αγίου Νικολάου και των γύρω περιοχών.
Την πρώτη σχολική χρονιά 1972-73 λειτούργησε ως τριτάξιο γυμνάσιο. Φοίτησαν σ΄ αυτό 568 μαθητές που κατανεμήθηκαν σε δεκαπέντε τμήματα. Στο σχολείο εργάστηκαν για πρώτη φορά 28 καθηγητές.
Μετά τα γεγονότα του 1974 το Δ΄ Γυμνάσιο Λεμεσού δέχτηκε στις τάξεις του 234 εκτοπισμένους μαθητές οι οποίοι προστέθηκαν στο  σύνολο των 1016 μαθητών που ήδη φοιτούσαν σ΄αυτό. Λόγω του μεγάλου αριθμού των μαθητών, κατά τη σχολική χρονιά 1976-77 το Σχολείο διαχωρίστηκε σε δύο κύκλους, Α΄ και Β΄, με εναλλασσόμενη κατά εβδομάδα πρωϊνή και απογευματινή , φοίτηση. Ο Α΄ κύκλος λειτούργησε ως εξατάξιο σχολείο και ο Β΄ ως τριτάξιο.
Τη σχολική χρονιά 1979-80 άρχισε η λειτουργία του θεσμού του Λυκείου Επιλογής Μαθημάτων (ΛΕΜ). Την ίδια χρονιά το Σχολείο κατάργησε τους κύκλους Α΄ και Β΄ και διαχωρίστηκε σε Γυμνάσιο και Λύκειο με μόνιμη πρωϊνή φοίτηση.
Το Υπουργείο Παιδείας με επιστολή του το Φεβρουάριο του 1987 μετονόμασε το Δ΄ Γυμνάσιο Λεμεσού σε Λύκειο Αγίου Νικολάου. Επίσης, το Μάρτιο του 1987 το Γυμνάσιο Νεάπολης , που συστεγαζόταν με το Λύκειο, στεγάστηκε στο δικό του κτήριο.
Το 1993-94 κτίστηκε στην ανατολική αυλή του Σχολείου η μεγάλη Αίθουσα Πολλαπλής Χρήσης, που, παρά τις ελλείψεις της, εξυπηρετεί τις αθλητικές και πολιτιστικές δραστηριότητες του Σχολείου. Σήμερα φοιτούν στο Λύκειο Αγίου Νικολάου  381 μαθητές κατανεμημένοι σε 24 τμήματα.
Το Σχολείο διαθέτει 10 αίθουσες διδασκαλίας , δύο εργαστήρια Φυσικής , δύο  Χημείας ,δύο  ειδικές αίθουσες Τέχνης, δύο  Γλωσσών, μία Ιστορίας, μία Μουσικής, δύο Ηλεκτρονικών Υπολογιστών, δύο Τεχνολογίας, δύο Δακτυλογραφίας, μία Βιολογίας , μία Οικιακής Οικονομίας , μία αίθουσα Πολλαπλής Χρήσης και τη Βιβλιοθήκη με τον ανάλογο εξοπλισμό.